بنابه نيازها و استراتژي بودن امر بازرگاني در جامعه؛ از ديرباز اين امر مورد توجه حكومتها و سلاطين ايراني بوده است؛ به گونه اي كه نخستين بار در سال (1289 قمري) «وزارت تجارت» توسط ناصرالدين شاه تأسيس گرديد كه وظايف آن ايجاد ارتباط بين دولت و بازرگانان و انجام ساير امور تجاري مملكت بوده است.

در سال 1318 بنابه پيشنهاد فرهنگستان ايران «وزارت تجارت» به «وزارت بازرگاني» تغيير نام يافت.

در سال 1353 «وزارت بازرگاني» از وزارت اقتصاد تفكيك و به طور مستقل و با اهداف مشخص شروع به فعاليت نمود. در 16 تيرماه 1353 قانون تشكيل اين وزارتخانه به تصويب مجلس شوراي ملي سابق و در 26 تيرماه همان سال به تصويب مجلس سناي آن زمان رسيد.
 
در سال 1359 مجدداً تشكيلات وزارت بازرگاني با تغييراتي به تصويب سازمان امور اداري و استخدامي كشور رسيد كه شامل 9 معاونت بود.

تشكيلات وزارت بازرگاني كه از سال 1359 بدون تغيير باقي مانده بود در سال 1377 با جهت گيري تصويب بخش كارشناسي و تخصصي، كوچك سازي و واگذاري امور خدماتي و پشتيباني به بخش غيردولتي در مسير تحول قرار گرفت.تشکيلات وزارت بازرگاني با اصلاحاتي در دي ماه 1383 با چهار معاونت و هشت موسسه و شرکت وابسته به تاييد سازمان مديريت رسيد.

و در سال 1384 با پيشنهاد وزير بازرگاني معاونت هماهنگي، توسعه منابع و امور مجلس به دو معاونت اداري و مالي و معاونت هماهنگي و امور مجلس تفكيك گرديد. و معاونتها به پنج معاونت افزايش يافت.